Wzgórze, na którym stoi dziś bazylika św. Franciszka i spoczywają doczesne szczątki Świętego z Asyżu, na początku XIII wieku było powszechnie nazywane wzgórzem piekielnym, prawdopodobnie dlatego, że było to miejsce, na którym wykonywano wyroki śmierci, a także było swego rodzaju miejskim wysypiskiem śmieci. Kiedy Franciszek zmarł w kościółku Porcjunkuli 3 października 1226 roku – wieczorem – jego ciało zostało zaraz przeniesione do miasta, w obręb murów Asyżu, i pochowane w kościele św.
Franciszek przybył na Alwernię późnym latem 1224 r. wraz z innymi braćmi, w tym z bratem Leonem. Nieco mniej niż rok wcześniej papież Honoriusz III zatwierdził Regułę, ale konfrontacja w Zakonie nie została zakończona, o czym świadczą np. dalsze uściślenia zawarte w Testamencie napisanym przez asyżanina w 1226 r., kilka miesięcy przed śmiercią. Atmosfera nie była do końca pojednawcza i Franciszek uciekał przed wzrokiem braci, aby nie pokazywać się sposępniałym.
Papież ze swoją kurią często wyjeżdżał poza Rzym zarówno po to, by schronić się przed letnim upałem i uciec od miejskiego zgiełku, ale także by odwiedzić terytoria papieskie. Wśród różnych miast, w których się zatrzymywał, było Rieti, gdzie brat Franciszek był kilkakrotnie zabierany przez brata Eliasza, głównie w celu leczenia oczu przez lekarzy pełniących służbę w kurii papieskiej. Z tego powodu dolina Rieti jest nierozerwalnie związana z historią franciszkańską, a zwłaszcza pustelnie w Fonte Colombo, La Foresta, Poggio Bustone i Greccio, miejsce, które zasłynęło przez swój związek z powstaniem żłóbka.
Pierwszy biograf opowiada, że gdy św. Franciszek modlił się w kościele św. Damiana, położonym tuż za murami miasta, został wezwany do naprawy zrujnowanego Kościoła. Faktem jest, że asyżanin, chcąc żyć według świętej Ewangelii, idąc śladami Jezusa, pomógł wspólnocie kościelnej w czasie szczególnego kryzysu przeprowadzić prawdziwą reformę, wskazując swoim życiem i przepowiadaniem różne kwestie wydające się być nierozwiązywalne.
Na równinie pod Asyżem przeprowadzono meliorację terenów leśnych, w czym ważną rolę odegrali mnisi, i zbudowano tam również kaplicę pod wezwaniem Matki Boskiej Anielskiej, choć przez wieki będzie ona znana jako Porcjunkula.
