Le premier biographe du saint raconte que pendant que François priait dans l'église de Saint Damien, située juste à l'extérieur des murs de la ville, il fut appelé à réparer l'église en ruine. C'est un fait que l'Assisiate, voulant vivre la forme du saint Évangile en suivant les traces de Jésus, a aidé l’Église comme communauté ecclésiale, à un moment de crise particulière, à vivre une vraie réforme en signalant par sa vie et ses paroles diverses questions non résolues.
Après son changement de vie en 1206 environ et avant la fraternité soit constituée quelques années plus tard, François, au milieu d’autres œuvres pénitentielles, se consacre également à la restauration d'églises, dont celle de Saint Damien, où Claire devait vivre à partir de 1211 environ. Bien qu'issue d'une famille noble, cette dernière, ainsi que sa communauté, ont choisi la pauvreté dans laquelle la précarité due au manque de biens nécessaires tels que le pain et l'huile n'était pas étrangère, ainsi que les épreuves dues aux maladies, aux assauts des ennemis et même aux infestations de rats pour la défense desquels les chats étaient autorisés. François y retourna de temps en temps et y passa une période plus longue en 1225, alors qu'il était malade et aveugle. Dans un moment de souffrance particulière, transfiguré par la promesse pascale, il y composa le Cantique des Créatures dans lequel, en commençant par le soleil, dans une alternance de masculin et de féminin, il loue le Seigneur pour, mais aussi à travers, toute réalité créée. Il y a aussi une strophe autobiographique dans laquelle il est question des affligés qui souffrent d'infirmités ; il a ajouté plus tard ceux qui "pardonnent" afin de réconcilier l'évêque avec le podestat dont le conflit avait pris des proportions inquiétantes pour tout Assise.
À partir de la canonisation du 16 juillet 1228 - qui correspond de manière significative au jour de la mort d'Innocent III - même à Saint Damien, chaque 4 octobre, on doit célébrer solennellement la fête de saint François, ce que Claire a fait pendant vingt-cinq ans avec toute la force performative de la liturgie. Fortement ancrée dans le souvenir de ses origines, elle refusa toute proposition papale et tenue fermement sur une règle qui fut confirmée par Innocent IV quelques jours avant sa mort, le 11 août 1253. Son corps fut transporté à l'intérieur des murs de la ville à l'église de Saint Georges, où toute la communauté la rejoignit, tandis qu'à Saint Damien, les frères mineurs y vivent encore aujourd'hui.
