Nella pianura sotto Assisi il terreno boschivo fu bonificato, opera in cui un ruolo importante ebbero i monaci, lì vi fu costruita pure una cappella dedicata a Santa Maria degli Angeli, anche se nei secoli sarà conosciuta con il nome di Porziuncola. Francesco di Pietro di Bernardone la frequentò in modo particolare dopo il suo cambiamento di vita avvenuto nel fare misericordia con i lebbrosi e soprattutto quando si costituì una fraternita evangelica che dall’inizio degli anni venti del Duecento diventerà l’ordine dei frati Minori.
Dopo che la presenza fu saltuaria abitando fondamentalmente lungo la via, con gli anni divenne più stabile e così nella Regola del 1221 che non ha ricevuto la conferma pontificia mediante una bolla si afferma che «tutti i ministri, che sono nelle regioni d’oltremare e d’oltralpe, vengano una volta ogni tre anni, e gli altri ministri una volta all’anno, al capitolo di Pentecoste presso la chiesa di Santa Maria della Porziuncola» (Rnb XVIII FF 50). Ma già nel 1216 Giacomo da Vitry descrive tali raduni denominati capitoli in cui i frati «con notevole vantaggio convengono una volta l’anno nel luogo stabilito per rallegrarsi nel Signore e mangiare insieme. Qui, avvalendosi del consiglio di persone esperte, formulano e promulgano le loro leggi sante e confermate dal signor papa». Anche se la Regola approvata da Papa Onorio III mediante la bolla Solet annuere del 29 novembre 1223 stabilisce più genericamente che l’incontro dovrà svolgersi «dovunque sarà stabilito dal ministro generale» (Rb VIII FF 96) sta di fatto che la cappella posta sotto Assisi è principalmente il luogo dei capitoli, ossia quei momenti di incontro, confronto, ma anche scontro, in cui i frati confrontavano la vita con la forma del santo Vangelo e viceversa nel comune desiderio di seguire le orme del Signore Gesù Cristo.
Tale scelta di vita non fu facile, anzi vi furono dei veri e propri momenti di tensione – come illustra il racconto Della vera letizia ambientato proprio a Santa Maria degli Angeli – ma sta di fatto che frate Francesco volle tornarvi negli ultimi momenti della sua vita dopo che nel Testamento scrisse in modo tanto lapidario quanto profondo: «Il Signore mi donò dei fratelli» (Test 5 FF 116). Morì attorniato dai frati e altri – tra cui la nobildonna romana Jacopa Settesoli – nel 1226 il Sabato sera, quando liturgicamente si era già nella Domenica che in quell’anno cadde il 4 Ottobre, giorno in cui ancora oggi è celebrato il suo dies natalis, ossia nascita al cielo detto altrimenti transito. Appena fatto giorno il suo corpo, passando per San Damiano onde essere salutato dalla comunità comprendente Chiara, fu portato nella chiesa di San Giorgio dove rimase fino alla traslazione definitiva presso la basilica sepolcrale a lui dedicata costruita per volere di Papa Gregorio IX alle pendici del monte Subasio.
La Porziuncola nei secoli fu circondata da particolare venerazione quale luogo mariano di perdono tanto che proprio da lì il 27 Ottobre 1986 Papa Giovanni Paolo II volle iniziare una giornata interreligiosa di pellegrinaggio, digiuno e preghiera per la pace.
