François est arrivé à l'Alverne à la fin de l'été 1224 avec d'autres frères dont le frère Léon. Un peu moins d'un an auparavant, le Pape Honorius III avait approuvé la Règle, mais les dissensions au sein de l'Ordre ne sont pas terminées, comme le montrent par exemple les nouvelles spécifications du Testament rédigé par l'Assisate en 1226, quelques mois avant sa mort. Le climat n'est pas complètement réconcilié et François fuit la vue des frères pour ne pas être vu de travers. Les différentes âmes parmi les frères, mais dans un certain sens au sein de François lui-même, continuaient à être en tension.
Et c'est dans ce climat qu'il se retira à l’Alverne, un lieu plein de rochers qui, selon une certaine tradition, se seraient fendus au moment de la mort de Jésus, et aussi, comme d'autres ermitages franciscains, un lieu où se trouvait le culte de Michel Archange, un saint particulièrement vénéré par l'Assisiate.
Le frère Léon a écrit en autographe à l'encre rouge à côté de la bénédiction que lui a envoyée François qu'à l’Alverne il a eu la vision d'un séraphin, une conversation avec lui et plus tard l'impression des stigmates. Les séraphins, anges enflammés d'amour, sont très présents dans ses prières ; la conversation avec l'un d'eux donnera lieu à d'innombrables prophéties attribuées au saint d'Assise, tandis que les stigmates seront décrits et lus théologiquement de différentes manières. Il n'en reste pas moins qu'après cet événement, il a composé les louanges au Dieu Très-Haut qui nous sont parvenues de manière autobiographique.
Il est monté à l'Alverne encore soumis à une grande tentation et il est descendu réconcilié, c'est-à-dire avec la conscience de la présence constante et bienveillante du Seigneur. Au fil des années, cet ermitage allait devenir un point de référence pour ceux qui souhaitaient en savoir plus sur l'expérience chrétienne de saint François, et parmi eux, il faut citer en particulier Bonaventure de Bagnoregio et Ubertino de Casale. Ce n'est pas pour rien que ce lieu soit devenu très important pour ceux qui voulaient observer la Règle de manière plus radicale.
